在上篇中，我们一起寻找了人痘接种术从中国飘洋过海，到欧洲后经历了推广，并启发了琴纳发明了牛痘接种术。详见：。到此大家应该了解从人痘到牛痘的大概过程。
那么在中国，流传了千百年的人痘术，又是怎么被牛痘术替代的呢?这又是一个复杂的过程。
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牛痘传入中国之始
按照清代邱熺著《引痘略》的说法：听说琴纳接种牛痘成功后，“吕宋国(此处指西班牙)王闻之，特发万金，遣船载婴儿传去，无不应验。因喻所属小吕宋国(此处指西班牙殖民地菲律宾)依法传种……嘉庆十年(1805年)四月内，……船由小吕宋以婴儿载传痘种至奥门(澳门)，其本国医生偕奥门医生照法传种。”此即牛痘传入中国之始。
与此同时，英国东印度公司医生皮尔逊也在广州一带推广牛痘术，并在1805-1806年冬春两季的天花大流行中使接种者免遭罹难。1811年牛痘术为广州地方当局认可，四年后成立了“种痘处”。
归纳一下时间线索
琴纳在英国接种牛痘成功。
西班牙国王听到消息后，用船把婴孩运往英国接种，免疫成功。
当时的西班牙殖民地菲律宾也开展了牛痘接种工作。
牛痘接种术从菲律宾传入澳门。
英国东印度公司医生皮尔逊也在广州一带推广牛痘术。
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牛痘术在中国早期推广
牛痘术经南海、广州、花县等地传至广东北部的乳源。《种痘讲义》云：“乳源与湖南宜章相比邻，先是乳源有廖凤池者得牛痘术，以道光七年(1827年)输入宜章(今属湖南省郴州市)。”在此之前，李翘楚已于道光二年(1822年)将其法传至湖南嘉禾;《引痘心法》说道光三年(1823年)湖南衡阳、清江“点种通行”;道光八年(1828年)湖南湘潭痘毒流传，痘医吴珍儒度苗归里施种，次年调补安徽桐城县事，则技随人往。由此可见，在清道光年间，作为最早开展牛痘术的地区之一，湖南各县已有一定的推广基础。
道光八年(1828年)，粤籍京官曾望颜因见都城痘患严重，欲传牛痘来京，苦于路途遥远，“乃札制军李鹿坪”，寄干浆至北京。另外，还在米市胡同南海会馆设一公局，“使愿种者源源而来”，种牛痘之法从京师传播到全国多地。太平天国运动后，曾国藩、李鸿章等人“皆知其法之善”，到1874年，浙江、江西、湖南、湖北等省省会“无不设局种痘”。许多教会医院也开设种痘局，一年就可接种二千多人。
归纳一下时间线索
最早在南海、广州、花县等地传至广东北部的乳源。
道光二年(1822年)传至湖南。
道光八年(1828年)粤籍京官曾望颜欲传牛痘来京，苦于路途遥远，寄干浆至北京。
道光九年(1829年)湖南痘医吴珍儒调任安徽桐城县事，将种痘技术带入安徽。
到1874年，浙江、江西、湖南、湖北等省省会均设局种痘。
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中国建立多个牛痘苗生产机构
1891年，香港成立了牛痘苗生产机构，供应本地以及广州等处。1896年，上海在虹口建立牛痘苗制备机构，为福音医院和中国医院供给疫苗。1903年，上海卫生局建立了拥有现代化实验室的新型牛痘苗制备机构。1909年，四川成都建立了一所细菌实验室，开始制备疫苗，有力推动了西南地区的牛痘接种。
除了种痘人员在防疫一线忙碌外，各地也纷纷以行政立法，推行种痘。如《天津卫生总局现行章程》中明确要求“冬暮春初，无论男女均应接种牛痘”。
辽宁金州在春季派出医官按户造册，无论男女，凡三十岁以下者“皆传令引种牛痘，以防天然痘发生”。昌图县为杜绝“贪获厚利”的游医私种牛痘，特派员“购置美浆，专司种痘”。
但是，从全国范围看，在清代后期的一百多年中，川、黔、闽、桂、鲁、豫及京师等地施种范围均极有限，推行缓慢。主要原因有二：一是很多人对牛痘表示担心, 害怕接种后会为其所害;二是传统人痘师担心其得到广泛传播后失去自己利益。